Женский базилианский униатский монастырь возник при Пречистинской церкви около 1633 г. Начало монастыря связано с приездом из Вильно игуменьи Василисы и четырех монашек, которые с позволения митрополита Иосифа временно поселились при Соборной Пречистинской церкви.
Во время военных действий 1654–1667 гг. были уничтожены архив церкви, колокола, все внутреннее убранство. В результате пожара церковь сгорела, и пришлось на ее месте построить новую деревянную церковь. В 1720 г. во время пожара вновь сгорел храм и кельи. Храм восстановили по проекту архитектора Иосифа Фонтана III. Архитектурный комплекс состоит из объединенных в одно целое церкви, жилого монашеского корпуса и часовни (зимней церкви). Часовня пристроена к восточному торцу жилого корпуса в середине XVIII в. и представляет собой прямоугольный в плане объем в стиле классицизма. В 1843 г. после упразднения унии монастырь и храм Рождества Богородицы были переданы православной церкви.
В годы Первой мировой войны церковь Рождества Богородицы сильно пострадала и была восстановлена лишь в 1929 г. под надзором игуменьи Онуфрии. В 1958 г. монастырь был закрыт, а монахини выселены в Жировичскую обитель. В 1961г. монастырь передали Гродненскому областному комитету ДОСААФ. В 1976 г. весь комплекс был передан Республиканскому музею атеизма и истории религии. В июне 1992 г. храм и монастырские постройки были возвращены православному женскому монастырю и с того времени здесь действует Свято-Рождества-Богородичный женский православный монастырь.