Водоем расположен в 38 км северо-восточнее Полоцка и относится к бассейну реки Дрожбитка, протекающей через него. Ближайшим населенным пунктом является д. Жельцы, которая находится в 2,2 м от его северо-западного берега. Площадь водного зеркала составляет 2,66 км2, а максимальная глубина – 2,9 м.
Преимущественно равнинная местность, которая окружает озеро Болныря, покрыта лесом, с запада к нему примыкает крупный болотный массив. Низкие берега способствуют образованию обширной поймы. Водоем интенсивно зарастает, река Дрожбитка соединяет его с озерами Арлея и Дрогово, а ручей – с озером Жельцы.
Здесь обитают щука, окунь, карась, плотва и другие виды. Организована платная рыбалка.