Водоем расположен в 48 км северо-восточнее Полоцка и относится к бассейну реки Западная Двина. Ближайшим населенным пунктом является деревня Большое Ситно, которая находится в 2,5 км от юго-западного берега. Площадь водного зеркала составляет 0,42 км2, а максимальная глубина – 11,5 м.
Грядово-холмистая местность вокруг озера, покрытая густым лесом, не заселена. Характерными особенностями данного водоема являются высокая степень минерализации воды, сложная береговая линия, изобилующая заливами и мысами, а также высокая прозрачность, достигающая 9,5 м.
Имеется остров площадью 0,1 га. На узком мелководье отмечаются заросли мхов. Здесь также было выявлено место произрастания редкого вида, занесенного в красную книгу Беларуси, – полушника озерного.
В озере Глубокое обитают окунь, карась лещ, плотва и другие виды. Поскольку данный водоем является частью Республиканского ландшафтного заказника «Глубокое – Большое Островито», при его посещении запрещено наносить ущерб какой-либо природе.