Водоем расположен в 39 км северо-восточнее Полоцка и относится к бассейну реки Полота. Ближайшим населенным пунктом является д. Дретунь, которая находится в 5,2 км от южного берега. Площадь водного зеркала составляет 0,18 км2.
Преимущественно равнинная местность вокруг озера Мелкое представляет собой лесной массив, с юго-запада к нему примыкает большое верховое болото. Характерной особенностью этого водоема являются низкие берега, местами образующие сплавину.
Имеется ручей, который соединяет его с расположенным поблизости озером Недружно. Здесь обитают окунь, карась, плотва и другие виды.