Водоем расположен в 17 км северо-восточнее Полоцка и относится к бассейну реки Тросница. Ближайшим населенным пунктом является д. Минтурово, которая находится примерно в 600 м от западного берега. Площадь его водного зеркала составляет 0,17 км2.
Для местности, расположенной вокруг озера Столбцы, характерно сочетание равнинных участков с грядово-холмистыми. Она представляет собой крупный лесной массив, однако к юго-западному и северо-восточному берегам примыкают сельскохозяйственные угодья.
Для озера Столбцы характерна вытянутая форма, умеренная степень зарастания и обширная заболоченная пойма. Ручей связывает его с рекой Тросница. Здесь обитают окунь, щука, лещ, карась и другие виды. Организована платная рыбалка.
