Когда в 1860-х годах в Шумилино началось строительство вокзального комплекса, церковь Святого Николая стала его важной частью. Дальнейшая ее судьба складывалась непросто: после Первой мировой войны сильно пострадавшую здание пришлось восстанавливать. Однако богослужения продолжались недолго, поскольку в 1926 году при советской власти храм был закрыт.
Спустя 18 лет командование немецких войск и вовсе приказало разобрать его на кирпичи, которые затем использовались для строительства укреплений. Возрождение Никольской церкви в Шумилино началось в 2012 году, когда был заложен фундамент нового храма в ретроспективно-русском стиле. На данный момент строительные работы продолжаются.