Монастырь был основан в 1636 году православным митрополитом Речи Посполитой Петром Могилой.
Через треть века на месте деревянных построек возвели каменные, в стиле барокко. Главный храм обители освящен во имя Святого Николая. В 1798 году рядом с Никольским храмом была построена «теплая» (зимняя) церковь, освященная во имя Святого Онуфрия Великого. На протяжении XVII–XVIII вв. здесь выросли также жилые корпуса, ограда с брамой, звонница. Все эти постройки сегодня входят в монастырский ансамбль, главной доминантой которого остается Никольская церковь.
Самые ранние фрески в ней датируются концом XVII века. Кроме того, восстановлен резной четырехъярусный иконостас, выполненный в технике белорусской объемной резьбы с позолотой. В храме хранится картина-икона Николая II-мученика, найденная в подвале одного из домов в Могилеве в день канонизации царской семьи. Сегодня комплекс Свято-Никольского женского монастыря, возрожденного в 1991 году, занесен в предварительный Список всемирного наследия ЮНЕСКО.