Новую православную церковь в Волковыске начали возводить в 1995 году, а к концу 2000-го было окончено строительство его цокольной части, которую тогда же освятили в честь святых Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия.
В январе 2001 года в храм были принесены частички мощей Виленских мучеников. Весной 2006 года епископ Гродненский и Волковысский положил первый кирпич, символизируя начало строительства верхней части Благовещенской церкви, которое в целом завершилось к 2011 году. В 2012-м были установлены колокола и крест на колокольню.