Каменная церковь Святого Николая была построена в 1866 году. С тех пор она закрывалась лишь однажды, когда к власти пришли большевики.
Во время Второй мировой войны службы в ней возобновились и больше не прекращались. Важным для церкви оказался 1907 год. Тогда в Логойск была возвращена считавшаяся утерянной икона Божьей Матери, которую местные жители издавна почитали как чудотворную. В сентябре того года состоялся многотысячный крестный ход, и образ перенесли в Свято-Никольский храм.
В 1980-е годы церковь была расписана мастерами-иконописцами из Сергиева Посада. Алтарь украсили сюжеты Святой Евхаристии, а на стенах храма появились фрагменты из книги Иоанна Богослова «Апокалипсис». Это единственная святыня Беларуси, где для росписи использована данная тема.
Сегодня церковь разделена на зимнюю, более теплую, и летнюю части. Прямо у храма бьет родник с целебной водой, в 2005 году он был освящен. Температура воды в кринице одинакова в любое время года.