У этого храма чрезвычайно интересная и богатая история. В свое время был он и просто часовней, и католическим костелом, и православной церковью, и даже командорией старейшего в мире рыцарского ордена...
В XVI веке Столовичи принадлежали Николаю Радзивиллу Сиротке, чей сын, Жигимонт (Сигизмунд) Кароль, обучался в Европе и был послушником Мальтийского ордена. Именно с его подачи для «филиала ордена» в 1637 году в городке начали обустройство сперва небольшой каменной часовни св. Марии и Иоанна Крестителя с деревянной скульптурой Божьей матери Лоретанской (по легенде, из-за необычайной красоты, похищенной Жигимонтом в Италии) и деревянного госпиталя.
В 1736 г. владельцем местечка уже был М.Домбровский, командор того же Мальтийского ордена – именно ему принадлежала идея на месте часовни выстроить для командории большой каменный храм в стиле виленского барокко. Проект делали по очереди знаменитые архитекторы Иосиф Фонтан и Иоганн Кристоф Глаубица, и построенный через шесть лет костел получил имя св. Иоанна Крестителя (первоначальная часовня вошла в его интерьер в качестве пресбитерия).
В 1817 году деятельность ордена на здешних землях была окончательно прекращена и в конце 1860-х храм было решено передать православной церкви, ради чего его слегка переделали: внутри смонтировали иконостас, на крыше достроили пять куполов и колокольню. В разное время она именовалась и церковью Успения Пресвятой Богородицы, и церковью Святого Александра Невского.
Позже купола демонтировали, да и легендарная скульптура Божьей матери была утеряна, сейчас в храме главенствуют скульптуры Христа и Иоанна Крестителя.
Сегодня церковь действует, регулярно обновляется и ремонтируется. В ней добавились два придела ― в честь Успения Богородицы и Святителя Николая.